一、新申请及换证食品企业生产许可流程
（一）市级质量技术监督局受理企业申请（换证应在许可证有效期满6个月前提交申请）；
（二） 自受理之日起20日内完成企业核查；
（三） 样品在抽样后7日内送至指定检验机构，承检机构应于15日内完成产品检验；
（四） 市局自受理之日起30日内（不含送样和检验时间）将企业申请材料报送省局；
（五） 由省级质量技术监督局负责审批发证的产品，省局于受理之日起60日内做出是否准予许可的决定；由国家质检总局负责审批发证的产品，省局应当自受理之日起40日内将企业申请材料、现场审查和产品检验材料报国家质检总局。
（六） 由国家质检总局负责审批发证的产品,国家质检总局应当在受理之日起60日内做出是否准予许可的决定。
（七） 自决定之日起10日内向企业发放食品生产许可证及副本或不予行政许可决定书。
二、食品生产许可证变更流程
（一）变更范围
1、企业名称发生变化；
2、生产地址发生变化；
3、开发生产新种类食品；
4、生产条件发生重大变化。
（二）受理部门：市级质量技术监督局
（三）流程
1、向市级质量技术监督部门提交变更申请表
2、属于企业名称变更的仅做书面审查；
其他变更情形，企业应当填写《食品生产许可证申请书》，办理程序同新申请食品生产许可证流程；
三、年审流程
（一）获证企业应当在证书有效期届满前一个月内向所在地县级质量技术监督部门提交企业持续保证食品质量安全必备条件情况的年度报告。
（二）提交年度报告须附资料有：1、获得食品生产许可证企业年度自查申报表；2、食品生产许可证副本原件；3、企业营业执照复印件。
年度报告应包括以下内容：
1、现场审查不合格项改进措施和整改落实情况；
2、企业是否有厂址、工艺等变更事项，是否办理相关手续；
3、原材料进厂验收和产品出厂检验报告复印件（含原始记录）；
4、比对检验报告一份、*项检验报告两份；
5、有委托加工的，委托加工备案表；
6、监督抽查情况及不合格整改情况；
7、要求企业应当说明的其他相关情况。
四、委托加工备案流程
（一）委托双方分别到所在地市级质量技术监督局备案。
（二）被委托方必须是已取得有效的食品生产许可证的企业，其生产加工的食品应当全部交由委托方进行销售。
（三）备案时应提交的材料有：（复印件）
（四）全国工业生产许可证委托加工备案表；
（五）双方营业执照；
（六）委托加工合同（协议书），（合同时间不能超出许可证的有效期）；
（七）被委托方的食品生产许可证证书，（如委托方也取得许可证，应提交双方证书）；
（八）食品标识图样。